同济大学按照国务院常务会议精神，从2014年秋季学期起，向所有纳入国家招生计划的新入学研究生收取学费。其中：工程管理硕士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律硕士（非法学）（035101）、软件工程硕士（085212）、金融硕士（025100）、会计硕士（125300）和翻译硕士（055101、055102、055109）专业学位研究生的学费标准另行公布，其它硕士研究生学费为8000元/学年。
对全日制学术型研究生和全日制专业学位硕士研究生，同济大学有完善的奖助体系（工程管理硕士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律硕士（非法学）（035101）、软件工程硕士（085212）、金融硕士（025100）、会计硕士（125300）和翻译硕士（055101、055102、055109）不纳入奖助体系中），对于纳入奖助体系的全日制学术型硕士生和全日制专业学位硕士生在入学时全部都可以获得每年8000元的全额学业奖学金，该奖学金用以抵充学费。对纳入奖助体系的硕士研究生还可获得6000元/年的助学金。另外，全日制研究生都可以申请助教和助管的岗位，获得额外的资助。所有全日制硕士研究生在学期间纳入上海市城镇居民基本医疗保险，可申请办理国家助学贷款，可参加有关专项奖学金评定。
同济大学工商管理硕士在职班、金融硕士在职班、公共管理硕士、工程管理硕士、会计硕士采取在职学习方式，考生录取后，人事关系不转入学校，在读期间不参加上海市大学生医疗保障，学校不安排住宿，毕业时不纳入就业计划。
同济大学硕士研究生学制一般为2.5 年（工商管理硕士普通项目、中印美Global MBA项目、公共管理硕士、金融硕士、会计硕士、翻译硕士、艺术硕士为2年；风景园林硕士、生物学、工商管理硕士同济-曼彻斯特MBA双学位项目、法律硕士（非法学）为3年；医学院与口腔医学院招生专业均为3年），修读年限最长为4年。中德学院、中法工程和管理学院另有语言强化班，需时半年。
